Tennorganiska föreningar
Tennorganiska föreningar som exempelvis TBT (tributyltenn) började användas i båtbottenfärger på 60-talet och är ett av de farligare ämnen människan framställt och det bör hanteras med stor aktsamhet. Trots att det blev förbjudet med tennorganiska föreningar i båtbottenfärger för fritidsbåtar 1989 och för den kommersiella båttrafiken 2008 finns fortfarande båtar med tennorganiska föreningar på sina skrov. Det är förbjudet att sjösätta en båt med tennorganiska-rester på sin botten och det jobbas hårt med att identifiera de båtar som är i riskzonen och få till stånd säkra saneringar eller skrotning med varningstext.
Enligt undersökningar baserade på XRF-mätningar av fritidsbåtsskrov gjorda mellan 2016 och 2019 har tennhalter som motsvarar förekomst av tennorganiska föreningar uppmätts på cirka 15 procent.
Förutom att tennorganiska föreningar påverkar det marina livet utsätter sig båtägaren för stor risk om vederbörande får för sig att slipa bort färgen utan att ha adekvat skyddsutrustning. Dessutom krävs en väl intäkt arbetsplats för att inte riskera något spill till den närliggande miljön. Allt som slipats bort måste ovillkorligen också tas om hand som farligt avfall. I många marinor och fritidsbåtshamnar kan man mäta upp värden som är 10 till 100 gånger högre värden än säkerhetsgränsen i Sverige, vilket också är alarmerande. Redan i små doser är giftverkan stor och kan ge upphov till allvarliga skador på det marina livet. Bland annat har snäckor visats få hormonstörningar som medför att honorna parallellt med sina egna könsorgan utvecklar hanliga könsorgan, s.k. imposex.
Koppar
Koppar i olika former är den vanligaste biociden i dagens båtbottenfärger. Främst är det koppar(I)oxid som färgtillverkarna använder sig av, men även koppartiocyanat används. Koppar är giftigt för både växter och vattenlevande organismer och studier har visat att vid redan låga koncentrationer påverkas laxfiskarnas förmåga att hitta tillbaka till sina reproduktionsområden.
Biotillgängligheten för koppar påverkas bland annat av salthalten i vattnet. Det innebär att biotillgängligheten för koppar är högre för organismer i sötvatten, än vad den är för organismer i saltvatten. Det är en av orsakerna till varför båtbottenfärger på västkusten har en högre tillåten kopparhalt än på ostkusten.
Studier visar att fritidsbåtslivet i Östersjön släpper ut 57 ton koppar per år från båtbottenfärger, vilket är 19 procent av Sjöfartens utsläpp av koppar till Östersjön.